Entre 1562 et 1598, l'Aunis et la Saintonge subirent huit guerres de religion, conflits d'autant plus violents que les populations catholique et protestante étaient mélées.

Les édifices religieux

Les ouvrages fortifiés

Les rues et lieux-dits

Au cours des guerres de religion, de terribles épidémies surviennent: la peste gagnera La Rochelle en 1585, 1602 et 1604. L'intérieur des terres est dévasté, de nombreuses églises et abbayes sont détruites, des pillards parcourent les campagnes...
En 1573, La Rochelle refusa d'ouvrir ses portes au gouverneur et à la garnison du roi, la ville est donc assiégée. Malgré la guerre, l'imprimerie se développe, servant notamment à la diffusion de sermons protestants. La Rochelle abrite de prospères imprimeries, les Houltins, Barthélémy Berton.
En 1598, par l'édit de Nantes, une pacification provisoire s'installe dans tout le royaume: l'édit reconnait la liberté de culte.

L'assassinat d'Henri IV en 1610 marque la reprise de la guerre civile. Les assemblées de réformés deviennent prohibés. Malgré cette interdiction, Les chefs protestants se réuniront en 1620 à La Rochelle. Le Roi Louis XIII transfère les juridictions rochelaises à Marans et il se rend lui même en Charente-Maritime à la tête d'une armée.
Il assiège Saint Jean d'Angély en 1621: cette cité capitule, ses murs sont rasés et tous ses privilèges communaux abolis.
Sur mer, l'armateur et maire de La Rochelle, Jean Guiton, dirigeant la flotte rochelaise s'oppose aux forces maritimes catholiques. En 1627, les Anglais débarquent à l'île de Ré ce qui provoque l'intervention des troupes royales.

Le siège de La Rochelle par les troupes royales est dirigé par le cardinal de Richelieu dont on dit que lors du siège de la cité rochelaise, il aurait lui même ajusté un canon et endommagé la proue d'un navire anglais. le cardinal fit construire une digue afin de bloquer le havre du port rochelais, empêchant ainsi tout ravitaillement de la part des Anglais du Duc de Buckingham.
En novembre 1628, quand le maire Jean Guiton remet au Roi les clefs de La Rochelle, la ville a perdu les trois quarts de sa population, morts de faim.
La ville va voir ses murs rasés, ses privilèges communaux abolis. La Rochelle va difficilement se remettre des répercutions humaines et commerciales de ce siège: le commerce rochelais sera ruiné pour plusieurs années.